Зоологический музей Зоологического института Российской Академии Наук начал свое существование как самостоятельное учреждение в 1832 году. Днем его рождения считается 4 июля 1832 года. До этого времени зоологические экспонаты входили в состав коллекций Натурального кабинета Кунсткамеры, первого музея в России, основанного Петром I. Императором Петром I были приобретены и первые коллекции для будущего музея. Из своего путешествия в Голландию в 1698 году он привез первые естественнонаучные коллекции, содержавшие немало материалов по зоологии. Эти коллекции хранились сначала в Москве в Аптекарском приказе. Но с основанием своего любимого детища — Северной столицы Петр приказал привезти их в Санкт-Петербург. Здесь они сначала были выставлены в Зеленой гостиной Летнего дворца, потом были перевезены в Кикины палаты, а потом в Кунсткамеру. Петр приобретал коллекции заграницей и одновременно издавал указы, ставившими в обязанность властям повсеместно по России выискивать и доставлять в Петербург диковинные и курьезные вещи. Так что Петра I вполне можно считать отцом музейного дела в России в целом и Зоологического музея в частности.

В первой половине XIX века Академия наук, в состав которой к тому времени входила и Кунсткамера, претерпела ряд реформ, и коллекции Кунсткамеры были разделены на несколько независимых музеев. На основе зоологических коллекций Кунсткамеры и возник Зоологический музей. Поначалу он размещался в Музейном флигеле Академии наук, который был построен в 1826-1831 годах архитектором И.Ф.Лукини. 4 июля 1832 года была открыта первая выставка, на которой экспонировалась часть уцелевшей коллекции Кунсткамеры. Большая же часть коллекций Кунсткамеры к тому времени пришла в совершенную непригодность для экспонирования. Музей быстро пополнялся новыми коллекциями. Это были в первую очередь экспонаты, привезенные из различных экспедиций и путешествий по Дальнему Востоку, Кавказу, русской Америке, Сибири, Амурскому краю и другим местам. Были также пожертвования частных лиц, и выкупленные заграницей коллекции или полученные в результате обмена с другими учреждениями. Музей разрастался, и к 1882 году его коллекции занимали уже 32 зала, в которых были выставлены 40000 экспонатов, и это, не считая фондов.

К концу XIX века занимаемой площади музею уже явно не хватало, и в 1891-1893 годах музею было передано нынешнее здание на Стрелке Васильевского острова. В 1901 году новое здание музея было открыто для посетителей. Но музей не переставал быть и научно-исследовательским учреждением: новые экспедиции, новые исследования, новые темы и новые экспонаты, представленные по новому. В выставочных залах музея были созданы витрины, в которых животные были представлены в той обстановке, в которой они обитают. Эти «биологические группы» придали особую познавательную ценность экспозиций.

В 1931 году Зоологическому музею был присвоен статус Зоологического института Академии наук, а музеем стала называться выставочная часть института.

Во время войны экспонаты музея оставались на своих местах, но несмотря на обстрелы экспозиция музея почти не пострадала.

Живейший интерес у посетителей вызывает экспозиция, посвященная мамонтам. Здесь можно увидеть скелет мамонта и мумии мамонтят. Необычайно интересны коллекции животных Центральной Азии, доставленных Пржевальским. Очень богато представлен отдел птиц, моллюсков. Впечатляют и морские диорамы. Всего в музее около 30000 экспонатов.

В Северо-западном регионе России Зоологический музей является крупнейшим образовательным зоологическим и экологическим центром. Экскурсоводами музея разработаны экскурсии по любым современным проблемам зоологии для посетителей самых разных возрастов.