Стоящий на набережной Лейтенанта Шмидта дом № 41 был построен в 1720-х годах по переработанному образцовому проекту Ж. Б. Леблона. Строительством дома руководил Д. Трезини. Первоначально фасад дома был оформлен в стиле петровского барокко, со стороны набережной было двухвсходное крыльцо. Домом владели князья Репнины. В дальнейшем, в конце XVIII - начале XIX веков здание было перестроено. Крыльцо со стороны набережной разобрали, заложили дверной проём. Вход в здание был сделан со стороны 18-й линии. Фасад здания получил оформление в классическом стиле.

В 1883 году дом приобрёл академик исторической живописи, коллекционер Михаил Петрович Боткин. М. П. Боткин был представитель известного семейства предпринимателей, деятелей науки и культуры. Сам Михаил Петрович был директором Рисовальной школы Общества поощрения художников, Центрального училища технического рисования барона А. Л. Штиглица, членом Императорской Археологической комиссии и Совета Императорской Академии художеств. Для него по проекту А.К. Бруни дом был перестроен в стиле эклектики. На лицевой стороне был обустроен балкон, сооружена новая лестница, перепланированы помещения. На крыше для размещения коллекций и мастерской были надстроены мансарды, придавшие крыше живописную конфигурацию. В доме по рисункам А. К. Бруни была произведена богатая художественная отделка парадных интерьеров с лепкой, резьбой, изразцовыми печами и каминами. Разнообразные и богатые коллекции М. П. Боткина были доступны для посетителей. Здесь была коллекция из предметов декоративно-прикладного искусства античного мира, России, Грузии, Средней Азии, коллекция произведений европейского искусства эпохи Ренессанса, современных художников. Было много работ живописца А. А. Иванова, которые украшали стены кабинета и соседней с ним гостиной. Гостиная так и называлась - "Ивановская". В доме Боткина устраивались литературные вечера с участием А.А. Блока, К.А. Сомова, Н.К. Рериха. В начале XX столетия здесь бывал А. Блок со своей невестой Л. Менделеевой.

Свои коллекции Михаил Петрович приобретал путешествуя по Германии, Франции и Италии. Великолепное собрание древнегреческих и этрусских терракот и ваз, византийских эмалей на золоте, французских и немецких эмалей  романской эпохи и итальянских майолик эпохи Возрождения размещалось в изысканно отделанных интерьерах дома в духе палаццо итальянского Возрождения, которые служили прекрасным фоном для прекрасных произведений искусства. Уникальная коллекция располагалась в нижнем этаже особняка, в пяти комнатах. Две из них были отданы работам художника А.А. Иванова (более 100 картин и этюдов). В этом доме хранилось также огромное собрание русской живописи.

После 1917 года всё имущества Боткиных было национализировано, размещавшиеся здесь коллекции переданы Эрмитажу и Русскому Музею. В 1930х годах здесь начал работу Василеостровский народный суд. В настоящее время в здании располагается музей-институт Н.К. Рериха.