В состав ИСУ входят 9 кафедр, в том числе 6 выпускающих, обеспечивающих подготовку и переподготовку специалистов - бакалавров, инженеров, магистров, аспирантов и докторантов по следующим специальностям:
Факультет “И”-
Кафедра И3 - Системы обработки информации и управления-
160403(210500) - системы управления летательными аппаратами;
230102(220200) - автоматизированные системы обработки информации и управления;
230201(071900) - информационные системы и технологии.
Кафедра И4 - Радиоэлектронные системы управления-
210304(201600) - радиоэлектронные системы;
210305(201700) - средства радиоэлектронной борьбы;
230201(071900) - информационные системы и технологии.
Кафедра И5 - Информационные системы и компьютерные технологии-
230102(220200)- автоматизированные системы обработки информации и управления;
230201(071900) - информационные системы и технологии.
Факультет “Н”-
Кафедра Н1 - Мехатроники и робототехники-
220401(071800) - мехатроника;
220402(210300) - роботы и робототехнические системы.
Кафедра Н2 -Инжиниринг и менеджмент качества-
200107(191000) - технология приборостроения;
200503(072000) - стандартизация и сертификация;
230201(071900) - информационные системы и технологии.